光緒二十年西元一八九四年，中日甲午戰爭爆發，清廷戰敗。於，同年十月，日軍進入府城，台灣再度落入異族統治。

西元一九一五年，台南西來庵發生余清芳抗日事件這是日治時期最大的武裝抗日。

市容改造除思想的壓制外，日本人對於市容也做了不少改頭換面的功夫，也引進現代化生活的觀念，在一九一一年頒布市區改正的計畫後，許多大型公共建設應運而生，如今天所見的台南地方法院、台南市政府舊舍等為配合新改計的市容，一些舊街道與寺廟也就被拆除，或是改建，古都台南在日本人的治理中逐漸有了新面貌。