水源污染

都市及家庭污水、工業廢水、畜牧廢水，垃圾污水及農業肥料之過量使用，未做好污水處理。

河川污染

由於土地不當開發、利用，河川下游受到不同程度的汙染，尤其是西南部河川的下游。

地下水的破壞

西部沿海地區，為了發展養殖漁業而超抽地下水，導致地層下陷嚴重，引發海水倒灌及海水入侵，造成土壤鹽化。

湖泊水庫泥沙淤積

水土保持不良，面臨嚴重的泥沙淤積問題，減低水庫容量，減損水庫的授命。

酸雨

工業區排放大量的二氧化碳和雨水結合而成，經水循環後，影響水質及人體健康。

湧泉乾涸

過度砍伐林木，無法涵養水源，使得地下水面下降，泉水枯竭，造成缺水問題。

可用的水資源有限

人口稠密，平均每人分配的降雨量少；降雨季節及空間分布不均，使得河流流量變化大；河床坡陡流急，使得降雨可迅速入海。